Στις 26 Σεπτεμβρίου του 2000, το πλοίο «Εξπρές Σάμινα» αναχωρεί από τον Πειραιά με 533 ανθρώπους, 472 επιβάτες και 61 άτομα πλήρωμα. Λίγο μετά της 10 το βράδυ, προσέγγιζε το λιμάνι της Παροικιάς, με ανέμους που έφταναν τα 8 μποφόρ.
Λίγο πρίν φτάσει στην Πάρο, προσκρούει στις νησίδες «Πόρτες», με ταχύτητα 18 κόμβων. Η σύγκρουση πλημμυρίζει το μηχανοστάσιο του πλοίου με συνέπεια να πάρει αμέσως κλίση προς τα δεξιά και μετά από 25 λεπτά να βυθιστεί.
Το σημείο της σύγκρουσης βρισκόταν 2 μόλις μίλια ανοιχτά της Πάρου. Το πλοίο βυθίστηκε στο σκοτάδι, κάτι που προκάλεσε πανικό στους επιβάτες αφού κανείς δεν έβγαλε κάποια ανακοίνωση από τα μεγάφωνα. Οι επιβάτες πηδούσαν στα τυφλά μέσα στα σκοτεινά νερά. Μετά από αρκετή ώρα, το Λιμεναρχείο Πάρου διατάσσει όλα τα παραπλέοντα πλοία να σπεύσουν προς βοήθεια. Για μερικούς όμως είναι πολύ αργά. Ο λιμενάρχης Πάρου, Δημήτρης Μάλαμας, έχασε τη ζωή του το ίδιο βράδυ από το άγχος και την πίεση κατά τη διάρκεια της επιχείρησης.
Η τραγωδία του «Εξπρές Σάμινα» άφησε πίσω της 81 νεκρούς. Ανάμεσα τους ήταν και ο 19χρονος φαντάρος, Βασίλης Ραχούτης, ο οποίος έχασε τη ζωή του προσπαθώντας να σώσει τον κόσμο που πνιγόταν παλεύοντας με τα κύματα.
Η έκθεση των πραγματογνωμόνων έκανε λόγο για λάθος χειρισμούς από την πλειονότητα του πληρώματος. Επιπλέον, υπήρξαν καταγγελίες πρίν από το ναυάγιο πως το πλοίο δεν ήταν σε καλή κατάσταση για να ταξιδέψει, αλλά οι δυο επιθεωρήσεις που έγιναν, δεν βρήκαν κάποιο πρόβλημα.
Στις 29 Νοεμβρίου του 2000, ο εφοπλιστής Παντελής Σφηνιάς, μην αντέχοντας το βάρος της τραγωδίας και της πίεσης που του ασκήθηκε, έδωσε τέλος στη ζωή του πηδώντας από τον έκτο όροφό του κτιρίου της εταιρείας Minoan Flying Dolphins. Οι κατηγορούμενοι για το ναυάγιο ήταν επτά και καταδικάστηκαν όλοι.
Η τραγωδία του «Εξπρές Σάμινα» βύθισε στο πένθος της οικογένειες των θυμάτων αλλά και όλη την Ελλάδα. Πρόκειται για μια από τις μεγαλύτερες ναυτικές τραγωδίες στην ιστορία της χώρας.
Η δίκη και οι ποινές
Η δίκη για το ναυάγιο του «Εξπρές Σάμινα» άρχισε στις 27 Μαΐου του 2005 στο τριμελές εφετείο κακουργημάτων Πειραιώς και στις 27 Φεβρουαρίου του 2006 βγήκε η ετυμηγορία. Το δικαστήριο κατέληξε στο συμπέρασμα ότι το πλοίο ήταν αξιόπλοο, ότι οι βάρκες ήταν σε καλή κατάσταση κι ότι η πρόσκρουση οφειλόταν σε κακή διακυβέρνηση κυρίως από τον υποπλοίαρχο, ενώ η γρήγορη βύθιση αποδόθηκε στο γεγονός ότι δεν ήταν κλειστές οι υδατοστεγείς θύρες. Επιβλήθηκαν ποινές φυλάκισης στον πλοίαρχο, τον υποπλοίαρχο, τον ύπαρχο, στον Α’ Μηχανικό και τον ασυρματιστή.
Ο πλοίαρχος Βασίλης Γιαννακής καταδικάσθηκε πρωτόδικα σε ποινή φυλάκισης 16 χρόνων, ενός μήνα και 15 ημερών ενώ η ποινή αργότερα μειώθηκε σε 11 χρόνια, 11 μήνες και 25 ημέρες. Η Ολομέλεια του Αρείου Πάγου το 2010 μείωσε την ποινή του, ενώ είχε ήδη αποφυλακιστεί, σε 5 έτη και 6 μήνες για διατάραξη μόνο της ασφάλειας της υδάτινης συγκοινωνίας και για τα πλημμελήματα του ναυαγίου από αμέλεια και της μη αυτοπρόσωπης διεύθυνσης πλοίου, με σκοπό οποιασδήποτε ποινικής δίωξης στο μέλλον έχοντας το δικαίωμα να στραφεί κατά του Δημοσίου για την αξίωση αποζημίωσης.
Ο υποπλοίαρχος Αναστάσιος Ψυχογιός καταδικάσθηκε πρωτόδικα σε κάθειρξη 19 χρόνων, ενός μήνα και 15 ημερών και αργότερα μειώθηκε σε 12 χρόνια, 9 μήνες και 25 ημέρες.Ο ύπαρχος Γιώργος Τριαντάφυλλος καταδικάσθηκε πρωτόδικα σε ποινή φυλάκισης 8 χρόνων, 9 μηνών και 28 ημερών που αργότερα μειώθηκε σε 5 χρόνια και 28 ημέρες (εξαγοράσιμη). Ο Α’ μηχανικός Γεράσιμος Σκιαδαρέσης καταδικάσθηκε σε ποινή φυλάκισης πρωτόδικα 8 χρόνων, 6 μηνών και 28 ημερών και αργότερα η ποινή μειώθηκε σε 7 χρόνια, πέντε μήνες και 28 ημέρες (εξαγοράσιμη).
Ο ασυρματιστής Δημήτρης Τσούμας καταδικάστηκε πρωτόδικα σε φυλάκιση 15 μηνών, με 3ετή αναστολή, ενώ αργότερα μειώθηκε σε 10 μήνες με τριετή αναστολή.
Η αυτοκτονία Σφηνιά
Ο 55χρόνος εφοπλιστής-αντιπρόεδρος-διευθύνων σύμβουλος της Μinoan Flying Dolphins και πρόεδρος της Ένωσης Εφοπλιστών Ακτοπλοΐας (ΕΕΑ), Παντελής Σφηνιάς, μη αντέχοντας το βάρος της τραγωδίας και της πίεσης που του ασκήθηκε έδωσε τέλος στη ζωή του το πρωί της 29ης Νοεμβρίου του 2000 πέφτοντας από τον έκτο όροφο του κτιρίου της εταιρείας στην Ακτή Κονδύλη στον Πειραιά. Σύμφωνα με τις τοξικολογικές εξετάσεις που υπέγραψε ο Ιατροδικαστής Πειραιά Νικόλαος Kαλόγριας, ο Π. Σφηνιάς ήταν σε κατάσταση βαριάς μέθης ενώ είχε κάνει και χρήση αντικαταθλιπτικού φαρμάκου κατά την διάρκεια της αυτοκτονίας.
Καταγγελίες λίγες μέρες πριν το δυστύχημα
Στο πλοίο είχαν διενεργηθεί ύστερα από καταγγελίες του ΑΒ’ Μηχανικού, Αναστάσιου Σορόκα, δύο έκτακτες επιθεωρήσεις, μία στις 21 Σεπτεμβρίου του 2000 και άλλη μια στις 26 του ίδιου μήνα από τους επιθεωρητές του ΚΕΕΠ (Κλάδου Ελέγχου Εμπορικών Πλοίων), λίγες ώρες δηλαδή πριν το πλοίο βυθιστεί. Ο Αναστάσιος Σορόκας, υπήρξε μέλος του πληρώματος ως τις 19 Σεπτεμβρίου στο «Σάμινα» οποίος παραιτήθηκε υποστηρίζοντας ότι το πλοίο ήταν αναξιόπλοο, καταγγέλλοντας την άσχημη κατάσταση μηχανών, παλαιότητα και έλλειψη συντήρησης των τεσσάρων ηλεκτρομηχανών, την προβληματική λειτουργία των συστημάτων καθέλκυσης των λέμβων, την ανεπαρκή συντήρηση της εφεδρικής ηλεκτρογεννήτριας ανάγκης, την προβληματική λειτουργία χειριστηρίων που μπλόκαραν μεταξύ μηχανής και γέφυρας και την ανεπάρκεια των υδατοστεγών θυρών σε περίπτωση που ένα τμήμα του πλοίου κατακλυζόταν με νερά όπως και έγινε.
Κατά τη διάρκεια του πρώτου ελέγχου στις 21 του ίδιου μήνα, οι επιθεωρητές δεν βρήκαν κάποιο πρόβλημα στο οχηματαγωγό. Ο μηχανικός Αναστάσιος Σορόκας όμως προχώρησε σε εκ νέου καταγγελία αναγκάζοντας τους επιθεωρητές σε επανέλεγχο του πλοίου. Στον δεύτερο έλεγχο πάλι δεν διαπιστώθηκε κανένα απολύτως πρόβλημα. Έτσι, το πλοίο εφοδιάστηκε με πιστοποιητικό ασφαλείας και στις 5 το απόγευμα απέπλευσε από τον Πειραιά για το μοιραίο ταξίδι του.
O τέως πρόεδρος της ΠΕΜΕΝ Γ. Τούσσας είχε αναφέρει πως το Σάμινα δεν διέθετε Πιστοποιητικό Ασφάλειας. Η ισχύς του Πιστοποιητικού Ασφαλείας, που είχε εκδοθεί από τον ΚΕΕΠ είχε λήξει στις 17 Αυγούστου του 2000 και ταξίδευε με προσωρινό πιστοποιητικό του Διεθνούς Κώδικα Ασφαλούς Διαχείρισης για την ασφαλή λειτουργία των Πλοίων (International Safety Management Code) το οποίο έληγε στις 22 Σεπτεμβρίου και την ίδια μέρα ο ΚΕΕΠ παρέτεινε την ισχύ του Πιστοποιητικού μέχρι και τις 20 Νοέμβριου του 2000.